Validasi Metode Real-Time Polymerase Chain Reaction untuk Deteksi DNA Babi (Sus Scrofa Domestica) dan Celeng (Sus Barbatus) pada Sosis Sapi

Abstract

Babi (Sus scrofa domestica) dan celeng (Sus barbatus) hewan satu spesies yang  memiliki kemiripan sangat tinggi, perbedaan keduanya dilihat dari susunan basa DNA yang dimiliki. Metode analisis DNA antara babi dan celeng banyak yang belum berhasil membedakan kedua spesies tersebut seperti pada penelitian yang dilakukan Hikmah (2019) untuk membedakan babi dan celeng menggunakan primer Nk-ND1 dengan metode real time PCR namun berhasil mendapatkan perbedaan basa antara fragmen DNA babi dan celeng dari hasil sekuensing sehingga perbedaan urutan basa tersebut dijadikan sebagai primer spesifik babi untuk membedakan kedua spesies babi dan celeng dengan metode real time PCR. Lima spesies hewan yang digunakan yaitu babi, celeng, sapi, kambing dan ayam, primer babi forward 5’-GATGCCCTAAAACTATTCACC-3’ dari hasil sekuensing dan primer babi reverse yaitu 5’-TAGTGCTAGGGATAAGGCTAGG-3’ desain Hikmah (2019), SsoFastâ„¢ EvaGreen® Supermix (Bio-Rad), proteinase-K (Invitrogen), isolasi DNA menggunakan Geneaid Genomic DNA Mini Kit. Validasi metode real time PCR dengan uji spesifitas primer terhadap 5 isolat DNA jaringan segar, uji efisiensi dan sensitivitas pada 6 konsentrasi DNA (50; 5; 0,5; 0,05; 0,005 dan 0,0005 ng) dan sosis referensi campuran daging sapi:babi (100%; 50%; 25%; 10%; 5% dan 1%), uji keterulangan dilakukan sebanyak 5 kali replikasi. Hasil analisis menunjukkan sepasang primer spesifik terhadap DNA babi dan celeng. Efisiensi DNA babi yaitu 109,5% dan R² = 0,967, efisiensi celeng 99,1% dan R² = 0,999. Batas deteksi absolut DNA babi dan celeng yaitu 0,05 ng/µL dan 0,5 ng/µL, batas deteksi relatif sosis babi yaitu 5% dan sosis celeng 1%. Nilai RSD rata-rata pada analisis keterulangan DNA babi dan celeng yaitu 4,210% dan 3,611%. Pada sampel tidak terdteeksi adanya DNA babi dan celeng, secara kuantitatif metode ini tidak memenuhi persyaratan validasi.