Optimasi Gelred Sebagai Pewarna Dna Dalam Biologi Molekuler

Abstract

Pewarnaan DNA merupakan sebuah proses penting dalam elektroforesis gel agarosa. Proses ini memungkinkan penggunanya untuk melihat pita asam deoksiribonukleotida (DNA) hasil dari proses amplifikasi oleh teknik polymerase chain reaction (PCR) ataupun modifikasinya seperti metode restriction fragment length polymorphism (RFLP). Pewarna DNA yang umum digunakan dalam proses tersebut adalah ethidium bromide yang memiliki bahaya karena bersifat mutagenik. Pewarna DNA Gelred merupakan alternatif untuk ethidium bromide yang dinilai memiliki tingkat keamanan yang lebih baik untuk penggunanya. Penelitian ini bertujuan untuk melihat kemampuan Gelred sebagai pewarna DNA, cara terbaik untuk menggunakannya serta melihat sensitivitasnya. Pada penelitian ini 100-1000 bp DNA Ladder dengan konsentrasi berbeda digunakan sebagai penanda untuk membandingkan metode terbaik (pre-cast, post-staining dan pre-loading/pre-staining) untuk menggunakan Gelred. Selain itu dua buffer elektroforesis umum (TAE dan TBE) digunakan untuk membandingkan hasil pewarnaan DNA. Hasil dari penelitian ini didapatkan bahwa Gelred mempengaruhi migrasi DNA pada gel agarosa. Migrasi tersebut juga dipengaruhi oleh jenis buffer yang digunakan, konsentrasi agarosa, ukuran DNA, konsentrasi DNA dan metode yang digunakan (pre-cast, post-staining atau pre-loading/pre-staining). Metode terbaik untuk mendapatkan hasil visualisasi yang tajam adalah metode pre-cast dengan buffer TAE, dengan kelemahannya adalah konsentrasi dan panjang DNA sangat mempengaruhi visualisasi. Metode yang paling stabil untuk digunakan adalah metode pre-loading/pre-staining dengan buffer TAE dengan kelemahan visualisasi pita DNA yang dihasilkan tidak setajam metode pre-cast. Menurut hasil penelitian ini peneliti menyarankan penggunaan metode pre-loading/pre-staining dengan buffer TAE apabila menggunakan Gelred yang disebabkan oleh efisiensi dan kecepatan proses.