Syntax Literate: Jurnal Ilmiah Indonesia p–ISSN: 2541-0849 e-ISSN: 2548-1398

Vol. 7, No. 11, November 2022

 

APLIKASI BASIC LOCAL ALIGNMENT SEARCH TOOL (BLAST) NCBI PADA PENELITIAN MOLEKULER SALMONELLA SPP

 

Mahdalena Anwar, Siti Nurjanah*, Winiati P. Rahayu*

Institut Pertanian Bogor, Indonesia

Email: [email protected], [email protected], [email protected]

 

Abstrak

Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) merupakan tool pada website NCBI yang banyak digunakan pada penelitian mikrobiologi molekuler. Tujuan penelitian ini adalah melakukan review sistematik dari fungsi program BLAST dan menentukan parameter penting yang diaplikasikan pada penelitian Salmonella asal produk pangan. Salmonella spp. menjadi fokus karena bakteri ini terdiri dari banyak serovar yang memiliki variasi dalam mekanisme virulensi, perbedaan patogenitas dan adaptasi Salmonella terhadap inangnya. Pencarian artikel dilakukan dengan menggunakan mesin pencari PUBMED dan Google Scholar, dengan penentuan kriteria artikel dengan menggunakan metode PICO (problem/population, intervention, comparation, outcome), dan penyeleksian artikel dengan menggunakan metode PRISMA. Hasil penelitian terseleksi 30 artikel yang masuk dalam kriteria. Fungsi BLAST diaplikasikan pada 4 fungsi yaitu: (1) mengidentifikasi sekuens, (2) menemukan DNA target dengan efisien, (3) menyimpulkan fungsi gen dan menduga domain architecture dari struktur proteinnya, serta (4) merancang primer. BLAST NCBI yang digunakan adalah BLASTn, BLASTp serta PRIMER BLAST. Aplikasi tersebut dapat digunakan dengan memperhatikan parameter penting pada empat fungsi tersebut.

 

Kata kunci: NCBI, BLAST, Salmonella, BLASTn, BLASTp , PrimerBLAST

 

Abstract

The Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) is a tool from NCBI that is widely used in molecular microbiology research. The objective of this study was to conduct a systematical review of the BLAST’s functions and determine the important parameters that applied to Salmonella spp. research obtained food products. Salmonella spp. become the focus of this study because it consists of many serovars that have variations in virulence mechanisms, differences in pathogenicity and adaptation of Salmonella to its host. Article searches are carried out using PUBMED and Google Scholar search engines by determining criteria using the PICO (problem / population, intervention, comparation, outcome) method, and article selection using the PRISMA method. The results of the study were selected 30 articles that fulfilled the criteria. The BLAST functions were applied into 4 functions, namely: (1) identifying sequences, (2) finding target DNA efficiently, (3) inferring gene function and estimating the domain architecture of its protein structure, and (4) designing primers. Blast NCBI used were BLASTn, BLASTP and PRIMER BLAST. The application can be used by paying attention to the critical parameters of the four functions.

 

Keywords: NCBI, BLAST, Salmonella, BLASTn, BLASTp, Primer-BLAST

 

Pendahuluan

Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) banyak digunakan pada tahapan penelitian molekuler (Achyar, Atifah, & Putri, 2021). Hal ini dikarenakan BLAST dapat memberikan informasi biologis hingga ketingkat serovar dari sekuens yang diamati. Fungsi BLAST antara lain dapat mengidentifikasi sekuens, menemukan DNA target dengan efisien, menyimpulkan fungsi gen dan menduga domain architecture dan struktur proteinnya, serta merancang primer (Akinola, Mwanza, & Ateba, 2019). Salmonella enterica memiliki lebih dari 2600 serovar (Issenhunt-Jean et al. 2019). Perbedaan serovar Salmonella memungkinkan adanya perbedaan pada mekanisme virulensi, perbedaan patogenitas dan adaptasi Salmonella terhadap inangnya (Alarjani, Elkhadragy, Al-Masoud, & Yehia, 2021). Produk pangan yang dilaporkan paling sering terkontaminasi Salmonella adalah produk peternakan dan rantai pengolahan produk pangan (Álvarez-Fernández, 2013). Nucleotide BLAST (BLASTn) merupakan tool yang berfungsi membandingkan suatu sekuen nukleotida (query sequence) yang dimiliki dengan database sekuen nukleotida, BLASTn banyak digunakan pada penelitian yang menggunakan sekuens nukelotida sebagai raw datanya. Protein BLAST (BLASTp) dapat membandingkan suatu sekuen asam amino yang menyusun protein yang ingin diamati dengan database (Arunima et al., 2020).

Primer BLAST digunakan untuk mendesain primer spesifik target. Primer menjadi faktor penting dalam proses pengamplifikasi DNA (PCR). Primer akan menemukan target gen spesifik sehingga dapat diamplifikasi dan diidentifikasi. Salah satu karakteristik primer yang harus diperhatikan adalah spesifisitas primer terhadap target. primer yang optimal adalah primer yang hanya akan mengamplifikasi target gen yang dituju (Bano et al., 2020). Primer-BLAST digunakan untuk menemukan region dari antar sekuens yang memiliki kemiripan dengan mengkalkulasikan sekens yang cocok secara statistic (Bejerano, Seldin, Margalit, & Tishby, 2001). Penelitian ini bertujuan melakukan ulasan sistematik aplikasi tools analyze BLAST NCBI berdasarkan empat fungsi BLAST menurut Ladunga (2017) pada penelitian Salmonella di produk pangan dan menyusun parameter penting pada aplikasi 4 fungsi BLAST tersebut (Bell, Jarvis, Ottesen, McFarland, & Brown, 2016).

 

Metode Penelitian

Analisis dilakukan melalui tiga tahapan yaitu (1) penentuan kriteria artikel dengan menggunakan metode PICO (problem/population, intervention, comparation, outcome) (2) penyeleksian artikel dengan menggunakan metode PRISMA, (3) melakukan review aplikasi BLAST dan mengelompokkan berdasarkan tujuan penelitian atau fungsi BLAST, serta menentukan parameter penting yang menjadi unsur utama dalam aplikasi. Pencarian artikel dilakukan dengan mesin pencari PUBMED dan Google Scholar (Boratyn et al., 2013).

 

Penentuan kriteria artikel dengan menggunakan metode PICO

Pemilihan artikel mengikuti kriteria inklusi dan ekslusi metode PICO (problem/population, intervention, comparation, outcome/hasil) (Pollock dan Berger et al. 2017) (Tabel 1).

 

Tabel 1. Inklusi dan ekslusi PICO

Kriteria

Inklusi

Ekslusi

Problem/population

Jurnal terakreditasi yang berhubungan dengan topik penelitian aplikasi BLAST NCBI pada penelitian Salmonella pada pangan

Jurnal tidak berhubungan dengan topik penelitian aplikasi BLAST NCBI pada penelitian Salmonella pada pangan

Intervention

Termasuk yang menggunakan intervensi ataupun tidak

Tidak ada ekslusi

Comparation

Termasuk yang menggunakan faktor pembanding ataupun tidak

Tidak ada ekslusi

Outcome

Adanya data aplikasi BLAST NCBI berdasarkan 4 fungsi pada penelitian Salmonella pada bidang pangan

Tidak adanya data aplikasi BLAST NCBI berdasarkan 4 fungsi pada penelitian Salmonella pada bidang pangan

Tahun Terbit

Jurnal atau artikel yang terbit 10 tahun terakhir (2012)

Jurnal atau artikel yang terbit dibawah 10 tahun terakhir (2012)

Bahasa

Bahasa Inggris dan Bahasa Indonesia

Selain Bahasa Inggris dan Bahasa Indonesia

 

Seleksi Artikel dengan Metode PRISMA

Seleksi dilakukan dengan menggunakan metode PRISMA (Identification, Screening, Eligibility (Bustin & Huggett, 2017), Inclusion and Exclusion) (Cha et al., 2020). Artikel diperoleh dari sumber terakreditasi (PUBMED dan Google Scholar) dengan kata kunci : ‘BLAST’ , ‘Salmonella’ kemudian disesuaikan dengan topik berdasarkan 4 fungsi BLAST menurut Ladunga (2017) dan pangan yang paling banyak ditemukan cemaran Salmonella menurut Gast dan Porter jr. (2020) (Chen, Zhong, Luo, Zhang, & Huang, 2019). Tahapan ini mengumpulkan 30 artikel yang memenuhi kriteria (Tabel 2)

 

 

Tabel 2. Seleksi Artikel Dengan Metode PRISMA

PRISMA

PUBMED

SCHOLAR

Total

Pencarian artikel berdasarkan keyword “BLAST”, Salmonella pada 10 tahun terakhir

32

26200

26232

Seleksi berdasarkan topik penelitian

2

66

68

Seleksi berdasarkan judul, abstrak dan full paper

2

28

30

Total Inklusi

 

 

30

Total Ekslusi

 

 

26202

 

Review artikel dan Penentuan Parameter penting

Ulasan artikel dilakukan dengan menganalisis kebutuhan data dengan melakukan ekstraksi informasi untuk dilakukan identifikasi dan melakukan evaluasi terhadap suatu permasalahan (Cheng, Eade, & Wiedmann, 2019) yang sesuai dengan pembahasan 4 fungsi BLAST berdasarkan Ladunga (2017) dan aplikasi BLAST pada penelitian Salmonella pada produk pangan serta menyusun parameter penting dari fungsi tersebut (Choudhury et al., 2016).

 

Hasil dan Pembahasan


Hasil penelusuran menggunakan kata kunci Salmonella dan BLAST, mesin pencarian jurnal Google Scholar dan PUBMED menemukan sebanyak masing-masing 26200 dan 32 artikel (Gambar 1)

Gambar 1. Penelusuran kata kunci Salmonella dan BLAST pada Google Scholar dan PUBMED

 

 

Hasil seleksi artikel secara bertahap Google Scholar dan PUBMED didapatkan 30 jurnal penelitian yang memanfaatkan fungsi BLAST (Tabel 2).

 

Tabel 2. Daftar Jurnal Sesuai Dengan Pemanfaatan BLAST

Kata Kunci

Literatur

Jumlah

Identifikasi, deteksi sekuens dengan menggunakan tool NCBI BLASTn

Mkangara 2020) (Bano et al, 2020) (Rosniawati et al. 2020) (Akinola et al. 2019) (Alarjani et al. 2021) (Can et al. 2014) (Teti et al. 2019) (Pal et al. 2017) (Samantha et al. 2013)

8

Menemukan sekuens DNA/ RNA target dengan tool NCBI BLASTn

Elabed et al. 2016) (Su et al. 2018) (Hennebery et al. 2012) (Cha et al. (2020) (Li et al. 2013) ( Zhai et al. 2014) (Rehman et al. 2017) (Sallam et al. 2014) Uddin et al. (2021) (Sarjit et al. 2022)

10

Menyimpulkan fungsi exon dan domain architechture

Arunima et al. (2021)

1

Merancang desain primer dengan Primer BLAST

(Melati et al. 2022) (Achyar et al. 2020) (Zhai et al. 2018) (Sahu et al. 2019) (Muhsinin et al. 2018) (Gong et al. 2016) (Gao et al. 2017) ( Nurjanah et al. 2018) (Singh et al. 2014) (Choudury et al. 2016) (Tomar et al. 2014)

11

Total

  

30

    

Fungsi 1 BLAST: Mengidentifikasi Sekuens

Pencarian sekuens homolog menjadi langkah informatif pada analisis identifikasi organism (Elabed, Merghni, Hamza, Bakhrouf, & Gaddour, 2016). BLAST melakukan pencarian sekuens homolog dengan cara menyaring data sesuai dengan filter yang ditentukan untuk menemukan kemiripan sekuens pada database (Forslund, Pekkari, & Sonnhammer, 2011). Dalam identifikasi sekuens, pemilihan urutan sekuens target, pemilihan lokasi dan anotasi sekuens yang tepat akan memberikan prediksi yang lebih akurat untuk mengidentifikasi suatu sekuens organisme (Gao et al., 2018)

Fungsi BLAST banyak diaplikasikan pada penelitian Salmonella yang berasosiasi dengan kontaminasinya pada pangan (Gast & Porter Jr, 2020). Penggunaan BLAST dalam penelitian pada fungsi 1 ini banyak digunakan untuk melakukan deteksi dan identifikasi serovar Salmonella berdasarkan sekuens pada pangan. Analisis identifikasi bakteri dapat menggunakan fitur BLASTn pada program BLAST NCBI (Gong et al., 2016). BLASTn merupakan fitur pada BLAST yang dapat membandingkan suatu query sequence yang diinginkan dengan database sekuen nukleotida yang ada pada database NCBI (Hennebry et al., 2012). Penelitian yang mengaplikasikan fungsi ini antara lain dilakukan oleh Mkangara et al. (2020) menggunakan BLASTn untuk mengidentifikasi informasi serovar pada isolat ayam kampung, hasil BLAST menunjukkan isolat merupakan Salmonella enterica serovar Typhimurium strain 14028 dan Salmonella enterica subspecies enterica serovar Typhimurium strain 14028. Bano et al (Hung & Weng, 2016). (2020) menggunakan BLAST untuk mendeteksi keberadaan bakteri pathogen pada raw milk. Hasil BLAST menunjukkan adanya keberadaan S. aureus dan Salmonella sp. Rosniawati et al (Issenhuth-Jeanjean et al., 2014). (2020) menggunakan BLAST dalam penelitiannya untuk mendeteksi Salmonella pada sampel ayam goreng. Hasil BLAST menunjukkan bahwa sampel terdeteksi Salmonella Typhimurium strain FORC_030, S. Bergen strain ST350, S. Enteritidis strain FORC_052, S. Enteritidis strain GD1011, S. Typhi strain 541, dan S (Kumar & Chordia, 2015). Typhi strain 3N4 dengan tingkat percent coverage sebesar 99%. Alarjani et al. (2021) melaporkan berdasarkan hasil BLAST terdeteksi cemaran Salmonella Enterica subs in the enterica ser Typhimurium dan Salmonella Spp (Ladunga, 2009).

Samantha et al. (2013) melaporkan hasil BLAST pada keseluruhan 8 isolat Salmonella terdapat dua Salmonella yaitu 6 sampel Salmonella Enteritidis dan 2 sampel Salmonella Typhimurium pada backyard poultry. Akinola et al (Baoguang Li & Chen, 2013). (2019) mengidentifikasi banyak serovar Salmonella pada isi perut ayam. Pal et al. (2017) Hasil BLAST menunjukkan sekuens isolat memiliki kemiripan yang tinggi dengan serovar poultry lainnya pada database yaitu Salmonella enterica serovar Gallinarum strain 9184 (accession no. CP019035.1) dan Salmonella Enteritidis strain OLF 00D 98987-1 (accession no. CP011942.1) (Ruichao Li et al., 2013)

Aplikasi fungsi 1 pada penelitian Salmonella memiliki parameter penting yang mempengaruhi hasil BLAST diantaranya yaitu menentukan gen target berdasarkan dugaan serovar (Madden, 2013), data query sequence, reference sequence. Langkah awal yang dibutuhkan dalam menentukan gen target adalah memilih urutan basa spesifik yang banyak ditemukan pada spesies tersebut dan tidak ada pada bakteri lain. Gen 16S rRNA merupakan gen target yang digunakan dalam identifikasi mikroorganisme prokariot. Penentuan gen target dipilih wilayah urutan basa yang disebut hypervariable region yang menjadi ciri khas dari bakteri tersebut (Mahram & Herbordt, 2010). Gen target yang banyak digunakan pada penelitian deteksi dan identifikasi adalah gen invasif InvA (Melati, Nurjanah, & Rahayu, 2022). Penggunaan gen ini sebagai target potensial adalah karena gen ini ditemukan spesifik pada strain Salmonella (Mkangara, Mbega, & Chacha, 2020). Selain menggunakan gen invA Penggunaan gen target lain dilakukan Nurjanah et al. (2018) dengan menggunakan gen STM dan plasmid virulen Prot6E spesifik untuk Salmonella Typhimurium dan Salmonella Enteritidis dan tidak mendeteksi serovar lain (Muhsinin, Sulastri, & Supriadi, 2019). Pemilihan region yang tepat juga merupakan faktor paling penting dalam melakukan konfirmasi deteksi dan identifikasi strain Salmonella dengan menggunakan BLAST. Region yang dipilih harus merupakan conserved sequence pada strain tersebut Hal ini menunjukkan bahwa faktor pemilihan region atau conserved sequence pada deteksi merupakan faktor yang penting. Buehler et al. (2018) (Nurjanah, Rahayu, & Mutaqin, 2018).

Parameter penting lainnya adalah data query sequence. Data ini didapatkan dari hasil analisis sekuensing, query sequence harus memiliki Panjang sequence yang tidak terlalu sedikit, query sequence juga harus mengandung gen target spesifik untuk identifikasi (Pal et al., 2017)

Sequence reference merupakan referensi sekuens yang ada pada database NCBI. Untuk mendapatkan sequence reference¸ query sequence dianalisis dengan BLAST. Pemilihan query sequence dipilih berdasarkan beberapa parameter yaitu percent coverage, Percent coverage didapatkan dari penghitungan jumlah basa yang identik dibagi dengan Panjang alignment, hasil persentasi semakin mendekati 100% maka akan semakin akurat juga hasilnya (Pearson, 2013). Algoritma BLAST juga akan melihat expect value (e-value) sebagai pertimbangan analisisnya (Pollock & Berge, 2018).

Fungsi 2 BLAST: Menemukan DNA Target Dengan Efisien

Berdasarkan jurnal yang telah di review, aplikasi penggunaan BLAST pada Salmonella dengan memanfaatkan fungsi BLAST yaitu menemukan DNA target dengan efisien dapat diaplikasikan untuk berbagai macam tujuan, seperti untuk mengembangkan metode deteksi Salmonella dengan menggunakan gen target spesifik (Rehman, Yin, Persaud-Lachhman, & Diarra, 2017), untuk menemukan gen yang bertanggung jawab (overexpression) pada Salmonella dengan kondisi lingkungan tertentu atau terpapar faktor stress untuk menemukan gen pada Salmonella yang memiliki karakteristik tertentu seperti ketahanan terhadap antimikroba atau antibiotic (Rinanda, 2011).

Elabed et al. (2016) melaporkan hasil BLAST bahwa gen yang bertanggung jawab pada kondisi stress kekurangan makanan dan salinitas tinggi pada Salmonella Typhimurium adalah gen sopA, ssaD, yhhK, gmK, cspC, uspA, ompR, phoP, stcC, fimA, acrA, andyehZ. Hennebry et al (Rosniawati, Rahayu, Kusumaningrum, Indrotristanto, & Nikastri, 2020). 2012) Hasil BLAST menunjukkan bahwa gen TLP (Transthyretin-Like Protein) merupakan gen yang peran dalam survival pada kondisi urea tinggi pada Salmonella Typhimurium pada kondisi urea tinggi (pada fecal ayam). Zhai et al (Sahu et al., 2019). (2014) juga melaporkan pada penelitiannya bahwa BLAST menemukan 16 gen target spesifik untuk deteksi Salmonella Paratyphi B. Pengerucutan gen target dapat dilakukan dengan metode lab (Sallam, Mohammed, Hassan, & Tamura, 2014).

Li et al. (2013) melaporkan bahwa hasil BLAST menunjukkan keberadaan 5 grup gen resisten, dfrA12–aadA2 dfrA1–aadA1, dfrA1, blaPSE dan dfrA1/aadA2 pada isolate Salmonella yang berasal dari babi (Samanta et al., 2014), bebek dan ayam di Sichuan, China. Su et al. (2018) melaporkan hasil BLAST menunjukkan keberadaan gen PMQR and mcr-1 pada isolat Salmonella yang berasal dari babi yang terkena diare.(Sarjit, Ravensdale, Coorey, Fegan, & Dykes, 2021). (2019) melaporkan hasil BLAST menunjukkan keberadaan gen yang merespon pemberian kondisi stress heatshock fadA, rpoH, rpoE, rpoD, rpoS, fkpA, cpxP, ibpA htrA, htpG, cypD, gyrA, ompC, dnaJ, dnaK, yggX, grpE, rdgB, pspA, groEL dan gen yang merespon kondisi kekeringan yaitu gen rpoS, otsB, hilA, dnaK, grpE, proV, sseD, sopD, STM1494 pada Salmonella yang berasal dari daging merah (Selçuk, 2019).

Fungsi BLAST untuk menemukan DNA target yang memiliki karakteristik seperti resisten antimikroba atau antibiotic pada Salmonella dilakukan oleh Cha et al. (2020) hasil BLAST menunjukkan sekuens nukleotida dari mcr-9 transconjugant TrECJ53-KUFSESAL043 yang diisolasi memiliki 100% kemiripan dengan data sekuens gen mcr-9 pada database.(Sheridan & Venkataraghavan, 1992). (2017) melaporkan BLAST memberikan konfirmasi keberadaan gen baru resisten Fosfomycin (fosA7) pada Salmonella enterica serovar Heidelberg yang ada pada ayam broiler. Uddin et al. (2021) melaporkan BLAST menkonfirmasi keberadaan gen mcr-1 pada empat isolat Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium dalam penelitian deteksi gen mcr-1 dan multidrug antimicrobial resistance. (Nicholas A Stover & Cavalcanti, 2014). (2014) melaporkan BLAST mengidentifikasi keberadaan gen stn (enterotoksin) penyebab diare pada 272 isolat Salmonella (Naomi A Stover & Cavalcanti, 2017)a.

Parameter penting yang perlu diperhatikan pada aplikasi fungsi 2 pada penelitian Salmonella pada pangan antara lain pengkondisian kultur (treatment) untuk gen target. Faktor ini akan berperan dalam memunculkan ekspresi gen atau gen yang merespon kondisi tersebut. Toleransi bakteri terhadap faktor stress tergantung pada pengkondisian faktor lingkungan (Su et al., 2018), selanjutnya adalah Query Sequence. Sekuens yang diperoleh dari hasil sekuensing ini merupakan sekuens untuk melakukan pencarian DNA target dengan cara dibandingkan dengan Sequence Reference. BLAST memberikan pilihan banyak database dimana yang paling banyak digunakan adalah database nr (nukleotida dan protein redundant yang tersimpan di GenBank, EMBL dan DDBJ (Farida & Agustini, 2019) Pemilihan hasil BLAST yang menunjukkan daftar possible gen dapat melihat pada skor maksimal semakin tinggi semakin baik yang dihitung dari akumulasi perhitungan e-value jika hasilnya semakin kecil semakin baik (Tomar, Jyoti, Mishra, Shrivastava, & Kaushik, 2014). Pada BLAST terdapat percent coverage yaitu persentase dari panjang urutan sekuens yang masuk ke alignment atau persentase kecocokan urutan basa subjek semakin tinggi persentase maka hasilnya akan makin valid yaitu 99-100%. False positive dapat disebabkan oleh adanya beberapa kemiripan region antara gen target dan gen lain pada BLAST selain wilayah dari 1000-1200 bp, sehingga ukuran base pair tersebut merupakan ukuran yang paling optimal untuk deteksi Salmonella (Uddin et al., 2021).

 

Fungsi 3: Menyimpulkan Fungsi Gen dan Menduga Domain Architecture Dari Struktur Proteinnya

Domain Architechture memberikan peran penting dalam kompleksitas protein fungsional. Domain architechture merupakan kombinasi dari sekuens protein yang memiliki fungsi yang setara (Wahyuni, Saraswati, & Dewi, 2020)a Aplikasi fungsi 3 ini dapat menggunakan BLASTp yaitu fitur yang menganalisis sekuens protein. Penggunaan BLASTp dalam analisis domain architechture dilakukan (Ye et al., 2012) mengungkapkan bahwa hasil BLAST menunjukkan ortholog pada Salmonella enterica serovar Enteritidis strain P125109 (WT) (nomor aksesi CAR33115.1) dengan sequence reference urutan protein YdeI dari Salmonella enterica serovar Typhimurium strain SL1344 (nomor aksesi HAD6491983.1) ortholog pada dengan kesamaan urutan sebesar 100% (Yu et al., 2019).

Parameter penting yang perlu diperhatikan pada aplikasi fungsi 3 adalah sekuens protein, sekuens protein reference. Pada hasil BLASTp hasil BLAST antara sekuens protein dibandingkan dengan sekuens protein reference terbaik adalah hasil protein yang memiliki nilai e-value yang rendah dan percent identity yang tinggi (Engki, n.d.) pemilihan sequence protein untuk analisis domain architechture harus memiliki setidaknya satu domain signature. Domain signature merupakan domain yang menbawa fungsi biologis spesifik (Schneider et al., 2005). Sekuens domain signature merupakan pola dari asam amino dengan panjang residu 1050 dan diasosiasikan dengan struktur fungsional protein (Zhai et al., 2014)

Fungsi 4: Merancang Primer

BLAST juga dapat digunakan untuk merancang primer. Penggunaan BLAST NCBI (Primer BLAST) sebagai program untuk memfasilitasi desain primer banyak digunakan secara luas untuk merancang primer untuk metode pendeteksian mikroba, (Ladunga, 2017).

Berdasarkan jurnal yang telah di review, aplikasi penggunaan BLAST pada Salmonella digunakan untuk merancang primer atau untuk menganalisis spesifitas primer secara in silico untuk deteksi Salmonella dengan menggunakan PCR, untuk mendapatkan hasil yang tepat dibutuhkan spesifitas dan sensitivitas primer pada mikroba. Sensitivas dan spesifitas yang baik akan ditentukan oleh berbagai faktor krusial seperti suhu annealing (tm) dan G/C content yang seimbang. Primer yang baik juga harus menghindari terjadinya self-complementary dan struktur hairpin dan primer yang baik tidak boleh ada primer dimer (Ye et al. 2012).

Analisis primer secara in silico dilakukan untuk memberikan prediksi suatu hasil penelitian dengan menggunakan pendekatan bioinformatik, sehingga dapat memberikan efisiensi pada penelitian. Prinsip kerja dari desain primer pada analisis in silico yaitu menentukan target identifikasi dengan melakukan pengumpulan informasi sebanyak-banyaknya dari data sekuens target., karena memiliki target amfilifikasi yang jelas sangat penting untuk keberhasilan primer, (database mining) . Pengumpulan informasi data sekuens mengasumsikan kekerabatan sekuens dengan nomenklaturnya serta perlu memastikan tidak pengujian tidak memperbanyak pseudogen, kemudian tahapan selanjutnya mendefinisikan properti pengujian sebagai integrasi antara anplikon dan krakteristik primer (Bustin dan Huggit 2017).

Melati et al. (2022) merancang primer gen virulensi invA untuk identifikasi dan sekuensing Salmonella pada sampel karkas ayam dengan menggunakan Primer BLAST dengan sampel uji Salmonella Typhimurium (ATCC 14028) dan Salmonella spp. pada karkas ayam. Sekuens gen Salmonella invA diambil dari GenBank ( Salmonella Typhimurium dengan nomor aksesi M90846.1) , lalu atur parameter, lalu pilih kemudian dilakukan klik ‘get primer’ dan didapatkan hasil sebanyak 22 primer kemudian diseleksi lagi hingga didapatkan primer dengan urutan forward GCCGGTGAAATTATCGCCAC dan reverse CTCGTAATTCGCCGCCATTG memiliki panjang amplikon 1486. hasil pengujian spesifitas Primer BLAST dapat diketahui bahwa primer tersebut spesifik pada 110 jenis serovar Salmonella tidak dapat mendeteksi sekuen bakteri yang memiliki kemiripan sekuen DNA yang tinggi dengan invA pada Salmonella spp. ( Klebsiella, Citrobacter sp., Serratia sp., Hafnia sp. , E. coli).

Dalam merancang primer, mengetahui bahwa primer yang kita miliki memiliki spesifitas terhadap mikrooragnisme target merupakan suatu hal yang diperlukan agar mendapatkan hasil dan mendapatkan mikroba target dengan tepat. Peneliti yang merancang desain dapat melakukan analisis untuk mengetahui spesifitas primer dengan cara in silico dan dengan analisis lab. Analisis spesifitas dengan primer, menggunakan alat bionformatika, salah satunya yang paling banyak digunakan adalah dengan menggunakan BLAST. Muhsinin et al. (2018) menggunakan primer BLAST untuk merancang primer pada penelitiannya untuk mendeteksi gen invA pada Salmonella dengan metode PCRm. Tomar et al. (2014) Menggunakan Primer-BLAST untuk merancang primer dan menganalisis spesifitas primer untuk digunakan pada deteksi Salmonellae dan E. coli yang berasal dari air dengan menggunakan RT PCR dengan SYBR Green secara in silico hasil primer yang didapatkan adalah primer invA Forward GAGGGCCTGGACGATAACAG dan reverse AGGACACGACTTCATCGGAA dengan Panjang amplicon 20 bp , tm sebesar 58,75-59,89 C dan GC% sebesar 60 dan 50 dengan spesifitas yang baik terhadap Salmonellae.Analisis in silico spesifitas primer dilakukan oleh Achyar et al. (2020) pada penelitian pengembangan metode deteksi bakteri pantogen pada sampel air minum isi ulang. Tahapan pengujian spesifitas primer secara in silico dilakukan untuk melakukan prediksi keberhasilan primer dalam mendeteksi bakteri pathogen pada sampel air minum, sehingga dapat memberikan efisiensi penggunaan bahan dan waktu pada penelitian. Tahapan pengujian spesifitas primer dengan Primer-BLAST, menunjukkan hasil bahwa primer pair dapat mengamflifikasi gen 16s RNA dari E. coli, Salmonella dan Shigella dengan ukuran produk 825 bp. (Gambar 2)

Gambar 2. Detailed primer reports (Achyar et al. 2020)

 

Analisis spesifitas dengan tool NCBI BLAST dilakukan dengan cara memasukkan sekuens DNA primer yang diperoleh ke dalam tool Primer-BLAST pada kolom ‘use my own forward/reverse primer’, kemudian melakukan klik ‘Get primer’ dan diperoleh hasil pada gambar yang menunjukkan karakteristik primer dan target product template yang dapat terdeteksi. Zhai et al. (2018) melakukan analisis spesifitas primer pada penelitian pengembangan metode amplifikasi real time sekuens asam nukleat untuk deteksi secara cepat Salmonella spp. dari pangan. Peneliti menggunakan Primer-BLAST untuk melakukan analisis spesifitas primer dengan hasil primer spesifik pada strain target (Salmonella) tanpa ada bakteri non-Salmonella.

Sahu et al. (2019) melakukan analisis spesifitas primer dengan tool BLAST dalam penelitiannya untuk mendeteksi secara cepat kontaminasi Salmonella pada makanan laut dengan multiplex PCR. Analisis NCBI-BLAST dari urutan nukleotida yang diperoleh dari amplikon PCR set primer C (Aksesi GenBank No. AY593967.1) menunjukkan homologi 100% dengan semua serovar genus Salmonella dan 0% dengan semua strain non-Salmonella. Analisis in silico ini (data tidak diberikan) menyimpulkan bahwa set primer C yang dirancang dalam penelitian ini dapat mendeteksi adanya anggota genus Salmonella. Gong et al. (2016) menggunakan Primer BLAST untuk melakukan analisis spesifitas primer yang akan digunakan untuk mendeteksi gen sefA pada Salmonella Enteritidis dan Salmonella Gallinarum pada ayam dengan menggunakan PCR. Singh et al. (2014) juga menggunakan primer BLAST untuk analisis spesifitas primer yang dimiliki pada penelitian pengembangan metode deteksi Salmonellae pada air dengan SYBR Green RT PCR.

Gao et al. (2017) merancang primer dalam penelitian untuk amplifikasi polimerase rekombinase dikombinasikan dengan aliran lateral dipstick untuk deteksi Salmonella dalam kerang. Penggunaan Primer-BLAST ada pada tahapan perancangan desain primer dan probe dengan berdasarkan target gen invA. Choudhury et al. 2016) menggunakan Primer-BLAST untuk melakukan analisis spesifitas primer hasil analisis menunjukkan bahwa primer memiliki spefisitas yang baik pada berbagai serovar Salmonella enterica dari berbagai sumber mulai dari hewan ternak, burung dan manusia.

Menurut Nurjanah et al. (2018) yang melakukan analisis spesifitas dengan mengkombinasikan tool primer-BLAST, tool MEGA software, dan analisis menggunakan RT-PCR serta menggunakan tiga gen target yaitu InvA, STM, dan Prot6E, pasangan primer yang baik ditandai dengan nilai Ct yang lebih rendah pada hasil RT-PCR, kemudian InvA menunjukkan sensitivitas tertinggi. Efisiensi PCR yang baik diperoleh dari gen STM dan Prot6E yang ditargetkan. Sehingga menunjukkan bahwa metode ini dapat diterapkan untuk mendeteksi Salmonella sp. Hasil dari analisis Primer BLAST dan MEGA menunjukkan bahwa semua primer memiliki spesifisitas yang tinggi untuk target serovar.

Berdasarkan pembahasan diatas, merancang primer merupakan tahapan penting pada penelitian dengan menggunakan RT-PCR untuk berbagai tujuan seperti melakukan deteksi, mengetahui prevalensi dan lain sebagainya, tool pada NCBI yang digunakan dalam merancang primer adalah dengan menggunakan tool Primer-BLAST dan menganalisa spesifitas primer dengan menggunakan primer-BLAST dan BLASTn. Primer ideal dipilih dengan melihat pada 3 komponen utama seperti suhu melting, GC % content dan self complimentary sequences. Gen target dapat dipilih dengan menggunakan conserved domain pada Salmonella seperti invA, STM, Prot6E, hilA yang dapat diperoleh melalui pencarian sekuens di database NCBI atau berasal dari hasil sekuensing sendiri. Kemudian dapat dilakukan perancangan primer dengan menggunakan tool NCBI Primer-BLAST.

Menurut Chen et al. (2018) False positive dapat terjadi karena adanya beberapa kemiripan region antara invA dan gen lain pada BLAST selain wilayah dari 1000-1200 bp, sehingga merupakan ukuran bp optimal untuk deteksi gen invA pada Salmonella. Primer spesifik berfungsi sebagai penanda dan pembatas untuk proses amplifikasi sekuen DNA saat proses PCR. Keberhasilan primer pada proses amplifikasi ditandai dengan ketepatan primer menempel pada DNA cetakan. Desain primer secara in silico merupakan teknik baru untuk menghasilkan kandidat primer spesifik dengan alat komputasi. Hasil dari desain primer in silico dapat digunakan untuk mendeteksi sekuen DNA dan melihat spesifisitas amplifikasi sekuen DNA target. merancang primer spesifik secara in silico adalah untuk melakukan prediksi pada primer untuk mengamplifikasi DNA target sebelum dilakukan pengujian secara in vitro sehingga dapat melakukan penelitian dengan efisien (Wahyuni et al. 2020).

Parameter penting yang perlu diperhatikan dalam analisis fungsi 4 ini antara lain sekuens reference gen target, melting temperature, GC Content%, suhu annealing, dan panjang primer, kemudian untuk analisis spesifitas adalah sekuens primer forward dan primer reverse. Dalam pemilihan sekuens reference target pemilihan gen target sesuai dengan gen penyandi yang yang ingin dideteksi. Sekuens yang didapat dianalisis berdasarkan start kodon dan stop kodon pada sekuens gen yang dicari kemudian melting temperature pemilihan primer yang tepat akan membuat primer forward dan reverse memisah dengan baik. Pemilihan primer ada baiknya dipilih primer yang memiliki suhu melting yang tidak terlalu jauh biasanya berkisar 55-65 C. kemudian GC Content sekitar 40-60%, dan self complementary. Semakin kecil makan hasilnya semakin baik (Álvarez-Fernández 2013).

Pada hasil primer-BLAST akan menampilkan beberapa kandidat primer, lalu untuk pemilihan primer yang paling ideal adalah dengan memperhatikan suhu Tm (Melting temperature) dari primer forward dan reverse. Tm harus sama atau hanya memiliki sedikit perbedaan suhu (tidak lebih dari 1o celcius). Kemudian hal yang harus diperhatikan adalah komposisi GC % content. GC % content yang ideal adalah harus pada kisaran 40-60%, lalu melihat pada Self complimentary dari primer, makin kecil angka self complimentary lebih baik karena semakin kecil kemungkinan primer membentuk hairpin ataupun primer dimer dan pilih dengan amplicon terpanjang (Hung dan Weng 2016).

 

Tabel 3. Parameter penting dari aplikasi 4 fungsi BLAST

Fungsi

Menu BLAST

Parameter penting

Persyaratan yang baik dari parameter

Fungsi 1

BLASTn

1. Gen target berdasarkan dugaan serovar

-Memiliki spesifitas yang baik/ tidak dapat mendeteksi bakteri non Salmonella dan Gen target yang dipilih adalah daerah yang menjadi ciri spesifik dari dugaan serovar atau (Hypervariable region)

 

 

2. Data query sequence

Sekuens memiliki kemurnian yang baik dan tidak ada kontaminasi protein, mengandung wilayah/ urutan basa gen target spesifik,= dan memiliki panjang sekuens yang sesuai

 

 

3. Reference sequence

Sekuens memiliki skor percent identity yang tinggi (99-100%), memiliki skor e-value yang rendah

Fungsi 2

BLASTn

1.  Pengkondisian kultur (treatment)

Pemberian perlakuan lingkungan atau treatment pada isolate untuk mendapatkan ekspresi dari gen target

 

 

2.  Gen target

Merupakan gen yang menjadi ciri spesifik/unik dari serovar tersebut

 

 

3.  Data query sequence

Sekuens memiliki kemurnian yang baik dan tidak ada kontaminasi protein, mengandung wilayah/ urutan basa gen target spesifik, panjang sekuens cukup

 

 

4.  Reference sequence

Sekuens memiliki skor percent identity yang tinggi (99-100%) dan memiliki skor e-value yang rendah

Fungsi 3

BLASTp

1. Query Sequence

Sekuens memiliki kemurnian yang baik atau tidak ada kontaminasi, memiliki minimal 1 domain signature

 

 

2.Sekuens protein reference

Sekuens memiliki skor percent identity yang tinggi (99-100%), sekuens memiliki skor e-value yang rendah

Fungsi 4

Primer-BLAST

1. Reference gen target

Sekuens merupakan gen spesifik/ unik yang ada pada bakteri target deteksi

 

 

2. Sequence Primer

Sekuens memiliki melting temperature yang sama atau tidak jauh berbeda (tidak lebih dari 1o C), memiliki GC content % antara 40-60%, memiliki skor e-value rendah (self complementary)

Dan karakteristiknya (panjang primer, tm, GC content%, dan suhu annealing

(minim terjadi struktur hairpin dan primer dimer), Memiliki amplicon terpanjang dan suhu annealing yang berdasarkan perhitungan (tmo-5o)

 

Kesimpulan

Jumlah artikel yang masuk dalam kriteria diperoleh sebanyak 30 artikel. Fungsi BLAST diaplikasikan pada 4 fungsi yaitu: (1) mengidentifikasi sekuens, (2) menemukan DNA target dengan efisien, (3) menyimpulkan fungsi gen dan menduga domain architecture dari struktur proteinnya, serta (4) merancang primer. BLAST NCBI yang digunakan adalah BLASTn, BLASTp serta PRIMER BLAST. Aplikasi tersebut dapat digunakan dengan memperhatikan parameter penting pada empat fungsi tersebut. Parameter penting tersebut adalah gen target berdasarkan dugaan serovar, data query sequence, reference sequence (fungsi 1), pengkondisian kultur (treatment), gen target, data query sequence, reference sequence (fungsi 2), sekuens protein dan sekuens protein reference (fungsi 3), reference gen target serta karakteristik dari sekuens primer yaitu panjang primer, melting temperature, GC Content%, suhu annealing (fungsi 4).

 

    

 

BIBLIOGRAFI

 

Achyar, A., Atifah, Y., & Putri, D. H. (2021). In silico study of developing a method for detecting pathogenic bacteria in refillable drinking water samples. Journal of Physics: Conference Series, 1940(1), 12061. IOP Publishing.

 

Akinola, Stephen Abiola, Mwanza, Mulunda, & Ateba, Collins Njie. (2019). Occurrence, genetic diversities and antibiotic resistance profiles of Salmonella serovars isolated from chickens. Infection and Drug Resistance, 12, 3327.

 

Alarjani, Khaloud M., Elkhadragy, Manal F., Al-Masoud, Abdulrahman H., & Yehia, Hany M. (2021). Detection of Campylobacter jejuni and Salmonella typhimurium in chicken using PCR for virulence factor hipO and invA genes (Saudi Arabia). Bioscience Reports, 41(9).

 

Álvarez-Fernández, Rubén. (2013). Explanatory chapter: PCR primer design. In Methods in enzymology (Vol. 529, pp. 1–21). Elsevier.

 

Arunima, Aryashree, Swain, Sunil Kumar, Patra, Saumya Darshana, Das, Susmita, Mohakud, Nirmal Kumar, Misra, Namrata, & Suar, Mrutyunjay. (2020). Role of OB-fold protein ydei in stress response and virulence of salmonella enterica serovar enteritidis. Journal of Bacteriology, 203(1), e00237-20.

 

Bano, Syeda Asma, Hayat, Munazza, Samreen, Tayyaba, Asif, Mohammad, Habiba, Ume, & Uzair, Bushra. (2020). Detection of pathogenic bacteria Staphylococcus aureus and Salmonella sp. from raw milk samples of different cities of Pakistan. Natural Science, 12(05), 295.

 

Bejerano, Gill, Seldin, Yevgeny, Margalit, Hanah, & Tishby, Naftali. (2001). Extraction of Protein Domains and Signatures through Unsupervised Statistical Sequence Segmentation.

 

Bell, Rebecca L., Jarvis, Karen G., Ottesen, Andrea R., McFarland, Melinda A., & Brown, Eric W. (2016). Recent and emerging innovations in Salmonella detection: a food and environmental perspective. Microbial Biotechnology, 9(3), 279–292.

 

Boratyn, Grzegorz M., Camacho, Christiam, Cooper, Peter S., Coulouris, George, Fong, Amelia, Ma, Ning, Madden, Thomas L., Matten, Wayne T., McGinnis, Scott D., & Merezhuk, Yuri. (2013). BLAST: a more efficient report with usability improvements. Nucleic Acids Research, 41(W1), W29–W33.

 

Bustin, Stephen, & Huggett, Jim. (2017). qPCR primer design revisited. Biomolecular Detection and Quantification, 14, 19–28.

 

Cha, Min Hyeok, Woo, Gun Jo, Lee, Woojung, Kim, Seok Hwan, Woo, Jung Ha, Kim, Junyoung, Ryu, Jae Gee, Kwak, Hyo Sun, & Chi, Young Min. (2020). Emergence of transferable mcr-9 gene-carrying colistin-resistant Salmonella enterica Dessau ST14 isolated from retail chicken meat in Korea. Foodborne Pathogens and Disease, 17(11), 720–727.

 

Chen, Zhi guang, Zhong, Hai xia, Luo, Huan, Zhang, Ren yu, & Huang, Jun rong. (2019). Recombinase polymerase amplification combined with unmodified gold nanoparticles for Salmonella detection in milk. Food Analytical Methods, 12(1), 190–197.

 

Cheng, Rachel A., Eade, Colleen R., & Wiedmann, Martin. (2019). Embracing diversity: differences in virulence mechanisms, disease severity, and host adaptations contribute to the success of nontyphoidal Salmonella as a foodborne pathogen. Frontiers in Microbiology, 10, 1368.

 

Choudhury, Mridusmita, Borah, Probodh, Sarma, Hridip Kumar, Barkalita, Luit Moni, Deka, Naba Kumar, Hussain, Isfaqul, & Hussain, Md Iftikar. (2016). Multiplex-PCR assay for detection of some major virulence genes of Salmonella enterica serovars from diverse sources. Current Science, 1252–1258.

 

Elabed, Hamouda, Merghni, Abderrahmen, Hamza, Rim, Bakhrouf, Amina, & Gaddour, Kamel. (2016). Molecular analysis of the adaptive response in Salmonella Typhimurium after starvation in salty conditions. The Journal of Infection in Developing Countries, 10(01), 74–81.

 

Engki, Zelpina. (n.d.). Similarity-Non-Thypoid Salmonella Causes Food-borne Diseases Causing: Prevention and Control.

 

Farida, Muthia, & Agustini, Dian. (2019). Sistem Informasi Data Akademik Sekolah Pada Mts. Al–Furqon Banjarmasin. Technologia: Jurnal Ilmiah, 10(2), 64–67.

 

Forslund, Kristoffer, Pekkari, Isabella, & Sonnhammer, Erik L. L. (2011). Domain architecture conservation in orthologs. BMC Bioinformatics, 12(1), 1–14.

 

Gao, Weifang, Huang, Hailong, Zhu, Peng, Yan, Xiaojun, Fan, Jianzhong, Jiang, Jinpo, & Xu, Jilin. (2018). Recombinase polymerase amplification combined with lateral flow dipstick for equipment-free detection of Salmonella in shellfish. Bioprocess and Biosystems Engineering, 41(5), 603–611.

 

Gast, Richard K., & Porter Jr, Robert E. (2020). Salmonella infections. Diseases of Poultry, 717–753.

 

Gong, Jiansen, Zhuang, Linlin, Zhu, Chunhong, Shi, Shourong, Zhang, Di, Zhang, Linji, Yu, Yan, Dou, Xinhong, Xu, Bu, & Wang, Chengming. (2016). Loop-mediated isothermal amplification of the sefA gene for rapid detection of Salmonella Enteritidis and Salmonella Gallinarum in chickens. Foodborne Pathogens and Disease, 13(4), 177–181.

 

Hennebry, Sarah C., Sait, Leanne C., Mantena, Raju, Humphrey, Thomas J., Yang, Ji, Scott, Timothy, Kupz, Andreas, Richardson, Samantha J., & Strugnell, Richard A. (2012). Salmonella typhimurium’s transthyretin-like protein is a host-specific factor important in fecal survival in chickens. PLoS One, 7(12), e46675.

 

Hung, Jui Hung, & Weng, Zhiping. (2016). Designing polymerase chain reaction primers using Primer3Plus. Cold Spring Harbor Protocols, 2016(9), pdb-prot093096.

 

Issenhuth-Jeanjean, Sylvie, Roggentin, Peter, Mikoleit, Matthew, Guibourdenche, Martine, De Pinna, Elizabeth, Nair, Satheesh, Fields, Patricia I., & Weill, François Xavier. (2014). Supplement 2008–2010 (no. 48) to the white–Kauffmann–Le minor scheme. Research in Microbiology, 165(7), 526–530.

 

Kumar, Anil, & Chordia, Nikita. (2015). In silico PCR primer designing and validation. In PCR primer design (pp. 143–151). Springer.

 

Ladunga, Istvan. (2009). Finding homologs in amino acid sequences using network BLAST searches. Current Protocols in Bioinformatics, 25(1), 3–4.

 

Li, Baoguang, & Chen, Jin Qiang. (2013). Development of a sensitive and specific qPCR assay in conjunction with propidium monoazide for enhanced detection of live Salmonellaspp. in food. BMC Microbiology, 13(1), 1–13.

 

Li, Ruichao, Lai, Jing, Wang, Yang, Liu, Shuliang, Li, Yun, Liu, Kunyao, Shen, Jianzhong, & Wu, Congming. (2013). Prevalence and characterization of Salmonella species isolated from pigs, ducks and chickens in Sichuan Province, China. International Journal of Food Microbiology, 163(1), 14–18.

 

Madden, Thomas. (2013). The BLAST sequence analysis tool. In The NCBI Handbook [Internet]. 2nd edition. National Center for Biotechnology Information (US).

 

Mahram, Atabak, & Herbordt, Martin C. (2010). Fast and accurate NCBI BLASTP: Acceleration with multiphase FPGA-based prefiltering. Proceedings of the 24th ACM International Conference on Supercomputing, 73–82.

 

Melati, R. P., Nurjanah, S., & Rahayu, W. P. (2022). Desain Primer Gen Virulensi invA untuk Identifikasi dan Sekuensing Salmonella pada Sampel Karkas Ayam. Jurnal Ilmu Produksi Dan Teknologi Hasil Peternakan, 10(2), 91–97.

 

Mkangara, Mwanaisha, Mbega, Ernest R., & Chacha, Musa. (2020). Molecular identification of Salmonella Typhimurium from village chickens based on invA and spvC genes. Veterinary World, 13(4), 764.

 

Muhsinin, Soni, Sulastri, Maria Martina, & Supriadi, Dadih. (2019). Deteksi Cepat Gen InvA pada Salmonella spp. Dengan Metode PCR. Jurnal Sains Farmasi & Klinis, 5(3), 191–200.

 

Nurjanah, Siti, Rahayu, Winiati P., & Mutaqin, L. S. (2018). Detection method for Salmonella typhimurium and Salmonella enteritidis using Real-Time Polymerase Chain Reaction. Intl J Eng Technol, 7, 302–306.

 

Pal, Susmita, Dey, Samir, Batabyal, Kunal, Banerjee, Abhiroop, Joardar, Siddhartha Narayan, Samanta, Indranil, & Isore, Devi Prasad. (2017). Characterization of Salmonella Gallinarum isolates from backyard poultry by polymerase chain reaction detection of invasion (invA) and Salmonella plasmid virulence (spvC) genes. Veterinary World, 10(7), 814.

 

Pearson, William R. (2013). An introduction to sequence similarity (“homology”) searching. Current Protocols in Bioinformatics, 42(1), 1–3.

 

Pollock, Alex, & Berge, Eivind. (2018). How to do a systematic review. International Journal of Stroke, 13(2), 138–156.

 

Rehman, Muhammad A., Yin, Xianhua, Persaud-Lachhman, Marissa G., & Diarra, Moussa S. (2017). First detection of a fosfomycin resistance gene, fosA7, in Salmonella enterica serovar Heidelberg isolated from broiler chickens. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 61(8), e00410-17.

 

Rinanda, Tristia. (2011). Analisis sekuensing 16S rRNA di bidang mikrobiologi. Jurnal Kedokteran Syiah Kuala, 11(3), 172–177.

 

Rosniawati, Teti, Rahayu, Winiati Pudji, Kusumaningrum, Harsi Dewantari, Indrotristanto, Nugroho, & Nikastri, Eva. (2020). Prevalence and level of Salmonella spp. Contamination on selected pathways of preparation and cooking of fried chicken at the household level. Food Science and Technology, 41, 41–46.

 

Sahu, Brundaban, Singh, Shiva D., Behera, Bijay Kumar, Panda, Satyen Kumar, Das, Abhishek, & Parida, Pranaya Kumar. (2019). Rapid detection of Salmonella contamination in seafoods using multiplex PCR. Brazilian Journal of Microbiology, 50(3), 807–816.

 

Sallam, Khalid Ibrahim, Mohammed, Mahmoud Ahmed, Hassan, Mohammed Ahmed, & Tamura, Tomohiro. (2014). Prevalence, molecular identification and antimicrobial resistance profile of Salmonella serovars isolated from retail beef products in Mansoura, Egypt. Food Control, 38, 209–214.

 

Samanta, I., Joardar, S. N., Das, P. K., Sar, T. K., Bandyopadhyay, S., Dutta, T. K., & Sarkar, U. (2014). Prevalence and antibiotic resistance profiles ofSalmonella serotypes isolated from backyard poultry flocks in West Bengal, India. Journal of Applied Poultry Research, 23(3), 536–545.

 

Sarjit, Amreeta, Ravensdale, Joshua T., Coorey, Ranil, Fegan, Narelle, & Dykes, Gary A. (2021). Survival of Salmonella on red meat in response to dry heat. Journal of Food Protection, 84(3), 372–380.

 

Schneider, Petra, Wolters, Liselotte, Schoone, Gerard, Schallig, Henk, Sillekens, Peter, Hermsen, Rob, & Sauerwein, Robert. (2005). Real-time nucleic acid sequence-based amplification is more convenient than real-time PCR for quantification of Plasmodium falciparum. Journal of Clinical Microbiology, 43(1), 402–405.

 

Selçuk, Ayşe Adin. (2019). A guide for systematic reviews: PRISMA. Turkish Archives of Otorhinolaryngology, 57(1), 57.

 

Sheridan, Robert P., & Venkataraghavan, R. (1992). A systematic search for protein signature sequences. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 14(1), 16–28.

 

Stover, Naomi A, & Cavalcanti, Andre R. O. (2017). Using NCBI BLAST. Current Protocols Essential Laboratory Techniques, 14(1), 11.

 

Stover, Nicholas A, & Cavalcanti, Andre R. O. (2014). Using NCBI BLAST. Current Protocols Essential Laboratory Techniques, 8(1), 11.

 

Su, Jin Hui, Zhu, Yao Hong, Ren, Tian Yi, Guo, Liang, Yang, Gui Yan, Jiao, Lian Guo, & Wang, Jiu Feng. (2018). Distribution and antimicrobial resistance of Salmonella isolated from pigs with diarrhea in China. Microorganisms, 6(4), 117.

 

Tomar, RAJESH SINGH, Jyoti, ANURAG, Mishra, RAGHVENDRA K., Shrivastava, VIKAS, & Kaushik, SHUCHI. (2014). In-silico designing of SYBR Green based Real-Time PCR array for the quantification of Salmonellae and Enterotoxigenic Escherichia coli in water. Eur. Acad. Res, 1, 5945–5958.

 

Uddin, Md Bashir, Hossain, S. M. Bayejed, Hasan, Mahmudul, Alam, Mohammad Nurul, Debnath, Mita, Begum, Ruhena, Roy, Sawrab, Harun-Al-Rashid, Ahmed, Chowdhury, Md Shahidur Rahman, & Rahman, Md Mahfujur. (2021). Multidrug antimicrobial resistance and molecular detection of MCR-1 gene in Salmonella species isolated from chicken. Animals, 11(1), 206.

 

Wahyuni, Febriana Dwi, Saraswati, Henny, & Dewi, Kartika Sari. (2020). In-Silico Analysis for cryI gene amplification from Bacillus thuringiensis. BIOEDUKASI, 8–14.

 

Ye, Jian, Coulouris, George, Zaretskaya, Irena, Cutcutache, Ioana, Rozen, Steve, & Madden, Thomas L. (2012). Primer-BLAST: a tool to design target-specific primers for polymerase chain reaction. BMC Bioinformatics, 13(1), 1–11.

 

Yu, Lijia, Tanwar, Deepak Kumar, Penha, Emanuel Diego S., Wolf, Yuri I., Koonin, Eugene V, & Basu, Malay Kumar. (2019). Grammar of protein domain architectures. Proceedings of the National Academy of Sciences, 116(9), 3636–3645.

 

Zhai, Ligong, Yu, Qian, Bie, Xiaomei, Lu, Zhaoxin, Lv, Fengxia, Zhang, Chong, Kong, Xiaohan, & Zhao, Haizhen. (2014). Development of a PCR test system for specific detection of Salmonella Paratyphi B in foods. FEMS Microbiology Letters, 355(1), 83–89.

 

Copyright holder:

Nama Author (Tahun Terbit)

 

First publication right:

Syntax Literate: Jurnal Ilmiah Indonesia

 

This article is licensed under: